Сан-Хуан является столицей и крупнейшим административным центром в Пуэрто-Рико. Он расположен на северо-восточном побережье Пуэрто-Рико, к югу от Атлантического океана, к северу от Гуайнабо и Трухийо Альто, к востоку от Байамона и к западу от Каролины.
Территория города составляет 199,2 кв. км, 75,4 кв. км из всей площади занимает вода. Большую часть водной территории Сан-Хуана занимает залив Сан-Хуана и две естественные лагуны Кондадо и Сан Хосе.
Сегодня Сан-Хуан является одним из важнейших портов Пуэрто Рико, его промышленным, финансовым, культурным и туристическим центром. Это первый из так называемых "муниципалитетов" Пуэрто-Рико, образованный в 1521 году, а также почти самый старый город (на 2-м месте после Санто-Доминго в Доминиканской республике) европейских колонистов в Америках.
Климат Сан-Хуана умеренно тропический. Средняя температура воздуха составляет 28°C. Летом температура достигает 32°C и выше, особенно если преобладает южный ветер. Зимой температура опускается до 22 °C. Дожди равномерно распределены в течение всего года, но месяцы февраль, март и апрель являются наиболее сухими.
Наиболее благоприятное время для посещения страны - период с декабря по апрель, когда на острове относительно прохладно и сухо. Ураганы в Пуэрто Рико считаются обычным явлением и наиболее вероятны в период с мая по ноябрь.
Сан-Хуан является очень привлекательным местом для туристов. Он насыщен гостиницами, музеями, историческими зданиями, ресторанами, пляжами и торговыми центрами. В Сан-Хуане есть много достопримечательностей, например: Старый Сан-Хуан, Оушен-Парк, Исла-Верде и Кондадо.
Старый Сан-Хуан, или Вьехо-Сан-Хуан, наполнен зданиями и сооружениями XVI-XVII веков и напоминает музей под открытым небом, где собраны здания испанской колониальной эпохи, причем многие из них, в первую очередь район вокруг Пласа-дель-Синто-Сентенарио, считаются лучше всего сохранившимся образцом этого стиля в западном полушарии. На северо-западе города высится форт Фуэрте-Сан-Фелипе-дель-Моро, считающийся одним из самых больших и совершенных в Карибском море. Северо-восточную оконечность Старого города прикрывает вторая крепость – Фуэрте-Сан-Кристобаль. Обе крепости являются Национальным историческим памятником и включены в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО. В самой старой части города расположена площадь Пласа-де-Сан-Хосе, где сосредоточено много музеев и приятных кафе. К другим достопримечательностям Старого города относятся Каса-Бланка (была построена как резиденция Понсе де Леона), доминиканский женский монастырь, резиденция губернатора острова - Ла-Форталеза, Алкальда, или Здание муниципалитета, Казино (совсем не игровой клуб, а фешенебельный дворец, построенный в 1917 году и недавно отлично отреставрированный), Собор Сан-Хуана и множество других мест, представляющих интерес для туристов.
Современная часть Сан-Хуана раскинулась по прилегающему к Старому городу "материковому" району острова. Самый близкий к исторической части города - район Кондадо, омываемый с севера водами Атлантического океана, а с юга - большой лагуной Кондадо. Кондадо – самая оживленная часть Сан-Хуана с множеством магазинчиков, модными ресторанами и фешенебельными отелями и казино.
Всего в квартале от оживленной Авенида-Эшфорд тянется двухмильная полоса Кондадо-Бич - лучшего пляжа столицы, хотя далеко не лучшего на острове. Здесь же сосредоточено множество спортивных учреждений, ночных клубов и школ танца, а также самые дорогие магазины города. В самой восточной части района, на границе с Сантурче, расположен богатый жилой район Оушен-Парк, образованный кварталами вилл и прибрежных клубов. Благодаря городскому закону, запрещающему строительство зданий высотой более трех этажей, здесь сформирован уютный, тихий и спокойный микрорайон, не имеющий каких-то особых достопримечательностей. Еще восточнее начинается более демократичный район Исла-Верде, где сосредоточено множество недорогих пансионов и есть неплохой собственный пляж, а южнее, в лагунах Лос-Коросон и Сан-Хуан, расположено множество центров водных видов спорта (сами лагуны рассечены длинным мостом Теодоро Москосо).