Первоначально основан Александром Барановым, с разрешения старейшин племени индейцев-тлинкитов, в 1799 как форт Архистратига Михаила в устье ручья, который сейчас носит название Старригавань. В 1802 форт разрушен индейцами, а его жители перебиты. В 1804 русские вновь заняли эту территорию при помощи алеутов и орудий корабля «Нева». Поселение было перенесено на стратегически более удобное место, на крутой холм, кекур, рядом с бухтой. Новое поселение получило название Новоархангельск.
В 1876 году Ситка стала частью Соединенных Штатов Америки, но до сих пор здесь сохранилось сильное русское виляние. В самом центре города находится собор Св. Михаила, православная церковь постройки 1804 года. За собором раскинулся национальный исторический парк Ситка, где произошло сражение 1804 года между племенем тлингитов и русскими.
Туристы могут отправиться на экскурсию в Аляскинский центр хищников, где обитают совы, орланы и соколы.